Het polderbestuur is samengesteld uit één dijkgraaf, één adjunct-dijkgraaf en vijf gezworenen en wordt bijgestaan door een ontvanger-griffier en een polderwachter.

Het bestuur wordt gekozen door én uit de algemene vergadering en dit voor een periode van zes jaar. Om de continuïteit in het bestuur te garanderen wordt het bestuur om de drie jaar voor de helft vernieuwd.
​
​​Ondanks het feit dat de leden van het bestuur gekozen worden door en uit de algemene vergadering kan toch iedere ingelande, hoe klein zijn onroerende eigendom binnen de polder ook is, zich kandidaat stellen om verkozen te worden in het bestuur.

​
HUIDIG BESTUUR:

​Dijkgraaf: Wim Debbaudt         

​Adjunct-dijkgraaf: Kris Van Malderen

​​Gezworenen: Geert De Visscher, Luc Vranken, Marc De Bock, Ludo Joos, Herman De Kinder

Het bestuur is belast met volgende taken:

•     Het voorbereiden van de werkzaamheden en het uitvoeren van de beslissingen van de algemene vergadering
•     Het beslissen over de uitvoering van onderhoudswerken aan waterlopen en kunstwerken
•     Het uitbrengen van waterkundig advies van bouwdossiers binnen het ambtsgebied van Polder Vlassenbroek
•     De dagelijkse bewaking van het waterlopenstelsel en van de dijken
•     Het beheer van het domein van de polder
•     Het nazicht van de dagelijkse boekhouding die door de ontvanger-griffier wordt bijgehouden
•     Het up-to-date houden van de lijst van de belastingsplichtigen en van de stemgerechtigde gelanden
•     Het vaststellen van wedden en vergoedingen van het personeel, met uitzondering van deze van de Ontvanger-griffier, voor      dewelke de Algemene Vergadering bevoegd is.